El Mérida, bajo sus distintas denominaciones, arranca en 1.912. El acta constitutiva de la Sportiva Emeritense está fechada el 28 de diciembre de 1.912. Juan Casillas fue el primer presidente.

En 1920, el club pasó a llamarse Los Catalanes. Paralelamente, en 1921, se fundó el MZA. En 1922, ambos clubs se fusionaron dando paso al Emérita CF. Con la Guerra Civil, Mérida se quedó sin fútbol. En 1939, nació la SD Emeritense, que en la 43-44 debutó en categoría nacional, Tercera.
El 23 de abril de 1966, el Emeritense pasó a llamarse Mérida Industrial, que en la 79-80 ascendió a Segunda B. Concretamente, el 10 de mayo de 1980, tras ganar 1-0 al Vélez con gol de Paco.
Hacia Primera

En 1985, el club pasó a llamarse Mérida Club Polideportivo y el 28 de mayo de 1989 subió a Segunda B, tras ganar 2-0 al Coria con goles de Chovi y Edu Pla. Tras dos años en la categoría, el Mérida asciende a Segunda División el 22 de junio 1991 al ganar 0-1 a Osasuna Promesas con gol de Ricardo. El primer ascenso a Primera División llegó el 27 de mayo de 1995 al ganar 0-1 al Eibar con gol de Cuéllar y el segundo el 1 de junio de 1997, tras ganar 2-0 al Leganés con doblete de Quique Martín.
Los riesgos económicos asumidos en estas temporadas llevaron a la desaparición en el año 2000. El filial, Mérida UD, tomó el relevo. Un filial que convivió una década con el Mérida CP. El 16 de junio de 2001 subió a Segunda B (3-0 al Torredonjimeno con goles de Ramírez, Juanjo y Santi). Tras un fugaz paso por Tercera, el Mérida volvió a subir a Segunda B el 26 de junio de 2005 ante el Roquetas.

 

La historia del Mérida UD

El Mérida UD se había creado en 1990 tras la fusión de Los Milagros con el Santa Eulalia, siendo el malogrado Manolo Molina el primer presidente. Los Milagros había nacido en la temporada 78-79, mientras el Santa Eulalia arrancó en la 82-83. El club resultante se denominó Augusta Emérita, aunque sólo compitió en la 89-90, pues, en la 90-91, pasó a llamarse Mérida Promesas UD siendo filial del Mérida CP.

En su primera temporada, la 90-91, el Mérida Promesas UD militó en Regional Preferente. Tras un año, ascendió a Tercera, en la que debutó en la 91-92, bajo la dirección de José Ramón Montero, obteniendo un meritorio sexto puesto. Montero estuvo 6 campañas más al frente del Mérida Promesas UD llegando a jugar 3 fases de ascenso a Segunda B durante la 93-94, 95-96 y 97-98.

Montero cedió el testigo a Antonio Samino, que dirigió al Promesas durante 3 años más en Tercera, desde la 98-99 hasta la 00-01, jugando otras 3 fases de ascenso consecutivas. En la 99-00, el Promesas se proclamó campeón de Tercera por vez primera en su historia. Desde la 00-01, tras la desaparición del CP Mérida SAD, el club pasó a ser el abanderado de la ciudad, ascendiendo ese mismo año a Segunda B.

Los rivales en aquella fase de ascenso fueron Sanluqueño, Quintanar del Rey y Torredonjimeno. El ascenso a la división de bronce llegó el 16 de junio de 2001 tras golear 3-0 al Torredonjimeno con tantos de Antonio Ramírez, Juanjo Serrano y Santi Amaro y con Jorge Gruart en la presidencia, que había tomado el relevo de Manolo Molina y de Antonio Rodríguez Lorenzo, que tuvo un fugaz paso como presidente.

La primera aventura en Segunda B duró 3 temporadas, desde la 01-02 hasta la 03-04. En los albores de la 01-02, Paco Miranda suplió a Samino y el club jugó su primera fase de ascenso a Segunda. En la 02-03, el club perdió su apellido Promesas para llamarse Mérida UD, siendo Mateo Prieto el entrenador. A mediados de la 03-04, Jorge Gruart abandonó la presidencia, que pasó a estar en manos de un par de empresarios de origen aragonés. Ricardo Fernández, Bernardo Plaza, Mateo Prieto, Paco Romea y Andrés Tébar desfilaron aquella tormentosa campaña por el banquillo romano.

Con el descenso a Tercera, José Fouto Galván asumía la presidencia el 18 de junio de 2004. Bajo la gestión de Fouto, el Mérida retornaba a Segunda B sólo una temporada después, en la 04-05, con Tébar en el banquillo y pulverizando numerosos récords a nivel nacional. El ascenso llegó tras dos emocionantes eliminatorias ante Balompédica Linense y Roquetas.

La segunda aventura del Mérida en Segunda B duró 4 temporadas, desde la 05-06 hasta la 08-09. Félix Arnaiz fue el técnico de la primera campaña, Jaime Molina el de la segunda, Fabri González y Goran Milojevic los de la tercera y el propio Milojevic el de la cuarta. En la 07-08, con el técnico serbio en el banquillo, el Mérida jugó su segunda fase de ascenso a Segunda cayendo eliminado a las primeras de cambio ante la Ponferradina. Antes tuvo lugar la recordada remontada en Baza, donde el Mérida perdía 2-0 y terminó goleando 2-4 con gol de Jandro y triplete de Luciano.

De nuevo en Tercera, pese a decidir acogerse voluntariamente a la Ley Concursal, el Mérida firmó tres aceptables temporadas, las dos primeras de la mano del tándem formado por Antonio Higuero como presidente y Bernardo Plaza como entrenador, cosechando dos quintos puestos de forma consecutiva. En la tercera, se cayó al octavo puesto de la mano del tándem formado por Marisa Gil como presidenta y Diego Quintero como entrenador. Esta temporada, Quintero se mantuvo como técnico hasta que fue sustituido por Bernardo Plaza, mientras Daniel Martín, del Grupo Abeto, es el flamante presidente. Los problemas económicos han marcado las últimas campañas del Mérida UD, cuyos aficionados se han acostumbrado a convivir con la incertidumbre de la continuidad del club un verano tras otro.

La temporada 12-13 fue la última en la historia del Mérida UD. El Mérida, 5; Moralo, 1; disputado el domingo 19 de mayo, puso fin a 23 años de historia. Su testigo fue tomado en la 13-14 por el refundado Mérida AD, que se hizo con los derechos federativos del Mérida UD, mediante subasta pública.

El Mérida Asociación Deportiva se funda en el verano de 2013 como continuación del proyecto deportivo existente hasta entonces en la ciudad, encarnado en el Mérida Unión Deportiva.

La temporada 2013/2014 significó su debut en competición, alcanzando finalmente el 2º puesto tras 28 victorias, 10 empates y 2 derrotas. Esta clasificación final permitió disputar el play-off de ascenso a 2ª División B, en la que se superaron eliminatorias frente al Real Ávila y a la A.D. San Juan. El club cayó derrotado en el global de la eliminatoria final frente a la U.P. Langreo, afrontando una nueva temporada en Tercera División.

La temporada 2014/2015 transcurre de forma similar a la anterior, con una lucha continua por el liderato que concluye con el campeonato para el Mérida A.D, con un balance de 31 victorias, 5 empates, 2 derrotas y 98 puntos, a 9 del segundo clasificado. Como campeón de su grupo, el club tiene derecho a disputar una única eliminatoria de play-off en busca del ascenso. Se vence al C.D. Laredo por un global de 1-2, con lo que el Mérida A.D. vuelve a ser equipo de 2ª División B. en la temporada 2015/2016.